Что касается колебаний вирусной нагрузки, то это возможно. Не важно абсолютное количество вируса, оно может изменяться каждый день. Важно, что в результате лечения вы не получили ранний вирусологический ответ. Это тоже не страшно. В таких случаях полагается продолжать лечение и контролировать результат через 3 месяца от начала лечения. Имеет значение, какими препаратами вы лечитесь, насколько вирус давно в организме и насколько он отвечает на терапию.
По поводу увеличения АЛТ, это тоже бывает на терапии. Продолжайте дальше лечение и наблюдение. Но аутоиммунные процессы надо все-таки исключить. Сделайте соответствующие анализы.